会計検査院によると、厚生労働省の２２局では２００２年度までの６年間に約７８億４４００万円の不適正経理、「カラ出張」「カラ雇用」などの不適正経理が約３億円が発見されたという。
厚生労働省は、不適正経理で１４３２人を処分すると発表したが、そのうち免職にしたのは１人だという。１１９人は懲戒処分、１３１２人は訓告などの矯正措置とするという。
１６の労働局では、物品購入のキックバック（水増し請求）、カラ出張などにより、５億６１０万円の裏金が、懇談会、交際費に使用されたという。水増し請求、カラ出張、カラ残業で作った裏金約９億４５００万円は、返還の対象になるという。
会計検査院は、厚生労働省のほか、総額４５２億円の税金の使い道について指摘、そのうち１３７億円は処理上の、２７７億円は無駄遣いや不正経理への指摘だという。
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